হিফজুল কুরআনের গুরুত্ব ও মান সকলের নিকট দিবালোকের ন্যায় স্পষ্ট। একজন বিজ্ঞ আলেমের জন্য হিফজুল কুরআনের গুরুত্ব অপরিসীম। বিধায় সেই খেদমতকে উত্তরোত্তর আরো উন্নিত ও ব্যাপক করার লক্ষ্যে এই জামিয়া প্রায় ৭০ বছর ধরে হিফজ বিভাগের কাজ আঞ্জাম দিয়ে আসছে। বাংলার শহর-উপশহর ও প্রত্যন্ত অঞ্চলের হাজার হাজার ছাত্র এই হিফজ বিভাগ থেকে অধ্যয়ন করে বিশ্বের বিভিন্ন দেশে তাহফীজে কোরআনের খিদমাতে নিয়োজিত আছে।
উক্ত বিভাগের বৈশিষ্ট্য ও নিয়ম-নীতি
১. সুদক্ষ হাফেযের মাধ্যমে পরিচালিত।
২. টাকা দিয়ে অথবা ফ্রী উভয়টির ব্যবস্থা আছে। তবে পড়ার মান সমান।
৩. নাযেরা সহীহ-শুদ্ধভাবে পড়ার পর হেফয করার সুযোগ দেওয়া হয়।
৪. নাযেরা সহীহ-শুদ্ধ করার বিশেষ সুব্যবস্থা।
৫. সবক শুনানোর সময় দুই বা তার চেয়ে বেশি ভুল পড়লে সামনের দিকে তারাক্কি দেওয়া হয় না।
৬. প্রতিদিন ফজরের পর সবকের পারা বাধ্যতামূলক শুনাতে হবে।
৭. প্রতিদিন যোহরের পর আমুখতা (পিছনের পারা) শুনাতে হবে।
৮. প্রত্যেক ছাত্রকে প্রতি বৃহস্পতিবারে সাপ্তাহিক সবিনা শুনাতে হবে।
৯. ফারেগীন হাফেজদেরকে এক বৈঠকে সম্পূর্ণ কুরআন শরীফ বাধ্যতামূলকভাবে শুনাতে হবে।
১০. দাওরের ছাত্ররা দৈনিক শুনানো পড়াগুলো শেষ রাত্রে তাহাজ্জুদের নামাযে তিলাওয়াত করতে হবে।
১১. প্রতিদিনের পড়া শুনানোর পর রিপোর্ট বইয়ে নিজ উস্তাদ থেকে স্বাক্ষর নিতে হবে।
১২. প্রত্যেক শিক্ষকের নিকট ১৫ জন থেকে বেশি ছাত্র থাকার অনুমতি নেই।
১৩. প্রতিদিন কমপক্ষে এক ঘন্টা সুদক্ষ শিক্ষকের মাধ্যেমে তাজবীদসহ মশ্বক করানো হয়।
১৪. আমল-আখলাক ও তারবিয়্যতের জন্য প্রতিদিন ঘুমানোর পূর্বে এক ঘন্টা তালীম ও জরুরি মাসআলা-মাসায়েল আলোচনা করা হয়।
১৫. ১০/১২ বছরের উর্ধ্বে কোন ছাত্রকে হেফয খানায় ভর্তি করানো হয় না।
১৬. নিজ অভিভাবক ব্যতীত কোন ছাত্রকে ছুটি দেওয়া হয় না।