মুনাযারা বা তর্ক শাস্ত্রের উপর ব্যুৎপত্তি অর্জন করার লক্ষ্যে ও সমস্ত বাতেল ফেরকার মুকাবেলায় পারদর্শী সৈনিক করে গড়ে তুলতে অত্র জামিয়ার ছাত্রদের মাঝে বৎসরে দু’একবার মুনাযারা অনুষ্ঠান ব্যবস্থা করা হয়। এতে জামাতে পাঞ্জুম থেকে দাওরায়ে হাদীস পর্যন্ত ছাত্রদের মধ্য হতে নাযেমে মুনাযারা কর্তৃক বাছাইকৃত ছাত্ররা অংশ গ্রহণের সুযোগ পায়। উক্ত মুনাযারা অনুষ্ঠানে বিষয়বস্তু হিসেবে সমকালীন বিবদমান বিষয়গুলো প্রাধান্য পায়। কখনো কখনো আইম্মাদের মাঝে

মতানৈক্যপূর্ণ মাসআলাগুলোও নির্ধারণ করে দেয়া হয়। এতে অংশগ্রহণকারী ছাত্ররা দুই গ্রুপে বিভক্ত হয়ে দীর্ঘ দু’তিন মাসব্যাপী পূর্ণ প্রস্তুতি গ্রহণপূর্বক মুনাযারা অনুষ্ঠানে তথ্য ও তত্ত্ব ভিত্তিক আলোচনা তুলে ধরে। প্রামাণিক আলোকপাত, সঠিক তথ্য উপস্থাপন ও প্রতিপক্ষের সকল প্রশ্নের যথাযথ উত্তর প্রদানকারীরাই বিজয়ী হওয়ার সৌভাগ্য লাভ করে। উক্ত মুনাযারা অনুষ্ঠানে জামিয়ার শিক্ষকমন্ডলী, সকল ছাত্রবৃন্দ এবং নিকটস্থ এলাকার বিজ্ঞ ও মুহাক্কিক আলেমগণও উপস্থিত হয়ে থাকেন।